使用している機械が違う

医療脱毛とエステ脱毛の最も大きな違いは、使用している機械が違うことです。照射する出力が違いますので、効果も当然変わってきます。美容皮膚科などで使用しているレーザー脱毛はヤグレーザーやアレキサンドライトレーザーなどが主流です。

脱毛完了までの時間

機械の出力の差によって、エステ脱毛では脱毛が完了するまでに長期間かかります。弱い光を長いスパンにわたって当てるのがエステ脱毛の特徴でしょう。その分低価格とも言えます。
医療脱毛では強めな光を当てるので、短期間で脱毛を終えることができます。

有資格者が脱毛施術

医療脱毛では当然医療行為として脱毛を行いますので、資格を持った看護師が施術にあたります。対してエステ脱毛ではエステティシャンが脱毛を行います。
上述の機械の取り扱いは、看護師の資格が必要であるためその分コストも高くなります。エステ脱毛を行うエステティシャンも各企業共に、ノウハウを駆使したしっかりとした研修を行っているはずなので、技術の差というよりも扱える機械に違いがあると考えるのがいいでしょう。

医師による診察

医療脱毛を行うクリニックでは、医師による診察が可能です。お肌のトラブルが起きた時に即座に対応できるのは医療脱毛のメリットです。薬の処方などが行えるので安心して脱毛できます。
もちろんエステ脱毛でも、相当なノウハウが蓄積されていますので、その分トラブルにおける対策、対応は確実に行えるでしょう。

どっちがいいの？

予算との戦いになるかと思いますが、「高くても確実に早く終わらせたい」と思うなら医療、「時間がかかっても安く終わらせたい」と思うならエステというのが一般論になるかと思います。
または応用技として、部分的にエステと医療レーザーを使い分けて併用していくというのもひとつの答えになるかと思います。